Ученые научились искать гены в ДНК быстрее и точнее

"Разработка соединяет в себе преимущества наиболее продвинутых инструментов для работы с геномными данными", - отмечается в пресс-релизе. Алгоритм BRAKER1, предложенный учеными, определяет, какие области в ДНК являются генами, а какие - нет. Для этого он определяет наиболее вероятное разбиение генома на кодирующие и некодирующие области. Разработанную программу скачало уже более 1500 различных центров и лабораторий.

 Тестирование алгоритма показывает его существенно более высокую точность по сравнению с другими алгоритмами. Примерный хронометраж BRAKER1 на одном процессоре составляет приблизительно 17,5 часов для обучения и предсказания генов на геноме длиной 120 миллионов пар оснований. В дальнейшем время работы алгоритма может быть уменьшено за счёт использования параллельных процессоров. 

Определение генов - участков молекулы ДНК, по которым синтезируются РНК и белки - является одной из главных задач биоинформатики. Дело в том, что для многих исследований нужна информация не обо всей ДНК (длина которой составляет 2 метра для одной человеческой клетки), а только об этих информативных фрагментах ДНК. В будущем с помощью этих данных медики смогут диагностировать в том числе болезни сердца, диабет и рак. Статья учёных опубликована в журнале Bioinformatics.