Convieţuirea în spaţiul redus al Vaticanului a doi Papi generează probleme imense de protocol în mecanismele atât de bine reglate. Pe lângă acestea, apare şi o altă problemă. Secretarul personal al fostului Papă, Arhiepiscopul Georg Gaenswein, se va muta împreună cu Benedict. Dar el va continua să fie şi prefect al gospodăriei papale, însărcinat cu programul Papei Francisc.Mai mult, al doilea secretar al lui Benedict, reverendul Alfred Xuereb, din Malta, a servit şi ca asistent personal al Pontifului argentinian de la alegerea acestuia ca Papă.